Skip to content

Genomika, niepełnosprawność intelektualna i autyzm ad 6

2 miesiące ago

492 words

Jednak sekwencjonowanie całego genomu za pomocą masowo równoległego sekwencjonowania pozostaje stosunkowo kosztownym i czasochłonnym zadaniem, zarówno dla ludzi, jak i komputerów. Bardziej podatnym podejściem, które szybko wprowadza do praktyki medycyny, jest sekwencjonowanie kodujących białko części genomu, zwanych sekwencjonowaniem egzomu. Exmo odnosi się do eksonów lub jednostek kodujących genów, które zawierają około 30 milionów par zasad lub 1% całego genomu. Sekwencjonowanie egzonu odbywa się poprzez selektywne wychwytywanie eksonów przy użyciu jednej z wielu metod opartych na macierzy lub opartych na roztworach, które są obecnie dostępne w handlu. Następnie wychwycony DNA sekwencjonuje się przez masowe równoległe sekwencjonowanie, a SNP identyfikuje się przez porównanie z genomem referencyjnym. Takie podejście jest atrakcyjne z kilku powodów. Po pierwsze, większość mutacji sekwencji powodujących chorobę, które zostały zidentyfikowane, występuje w eksonach. Dlatego prawdopodobne jest, że analiza sekwencji exome będzie nadal udanym podejściem do identyfikacji nowych genów choroby. Po drugie, łatwiej jest przypisać znaczenie funkcjonalne, a tym samym kliniczne, zmianom w sekwencjach kodujących (eksonach) niż zmianach w niekodującym DNA, którego funkcja jest w dużej mierze nieznana. Ponadto, ludzkie i komputerowe wymagania dotyczące sekwencjonowania i analizy exomii pacjenta są obecnie znacznie łatwiejsze niż w przypadku całego genomu, kosztem około 1000 USD. Należy przyznać, że mutacje niekodujące (tj. Te, które występują w promotorach, intronach lub innych niecsonowych sekwencjach) z pewnością zostaną uznane za ważne dla niektórych zaburzeń, a mutacje te nie będą wykrywane przez sekwencjonowanie egzomu.
Tabela 2. Tabela 2. Badania z wykorzystaniem masywnego sekwencjonowania równoległego do identyfikacji genów związanych z niepełnosprawnością intelektualną i autyzmem. Rysunek 2. Rysunek 2. Trzy strategie sekwencjonowania egzomu w wykrywaniu genów. Panel A pokazuje sekwencjonowanie próbek DNA od wielu, niespokrewnionych, podobnie dotkniętych osobników w celu zidentyfikowania genów, w których niektórzy lub wszyscy osobnicy mają mutację. Panel B pokazuje analizę trio, w której analizowane są próbki od chorego dziecka i obojga rodziców bez zaburzeń, aby zidentyfikować zmiany de novo w dziecku. Panel C pokazuje analizę recesywną, w której próbki od jednego lub więcej dotkniętych dzieci są sekwencjonowane w celu zidentyfikowania genów, które zawierają dwie mutacje (po jednej na każdym allelu). Otwarte kółka i kwadraty reprezentują odpowiednio niewrażliwe kobiety i mężczyzn; stałe symbole wskazują status porażenia. We wszystkich panelach linie poziome reprezentują sekwencje eksonów, a X reprezentuje zmianę sekwencji w porównaniu do referencyjnego ludzkiego genomu.
Z powodzeniem zastosowano kilka eksperymentalnych podejść do identyfikacji choroby za pomocą sekwencjonowania egzomu (Tabela 2 i Figura 2). Pierwsze podejście obejmuje sekwencjonowanie u kilku niespokrewnionych pacjentów z tym samym fenotypem. Dane sekwencji są następnie analizowane w celu zidentyfikowania genów, w których wszyscy lub najbardziej dotknięci osobnicy mają potencjalnie szkodliwy wariant sekwencji. Takie podejście zakłada, że fenotyp we wszystkich (lub większości) analizowanych osobników jest wynikiem mutacji w tym samym genie
[hasła pokrewne: kąpiel mineralna zielona góra, kąpiel mineralna, głuchoniemota ]

Powiązane tematy z artykułem: głuchoniemota kąpiel mineralna medycyna na ukrainie opinie